Az Orvosi Mikrobiológia a fertőző betegségek kimutatásának laboratóriumi hátterét biztosítja. A szervezeti egységen belül a feladatok három területen oszlanak meg. A Bakteriológiai Laboratórium ún. vegyes klinikai bakteriológiai, enterális bakteriológiai és higiénés vizsgálatokat végez, a kórokozókat gyorsdiagnosztikai módszerekkel vagy tenyésztéssel mutatja ki. Módszertanilag ide tartozik és itt folyik a sarjadzó gombák által okozott fertőzések laboratóriumi diagnosztikája. A kitenyésztett kórokozók antibiotikum rezisztenciáját az EUCAST irányelvek alapján közli a beküldőnek. A Virológiai Laboratóriumban szerológiai és nukleinsav alapú infekciós laboratóriumi vizsgálatok folynak, amelyeket elsősorban vírusfertőzések diagnosztizáláshoz kérnek a beküldők, de az egyéb kórokozók ilyen típusú vizsgálatait is itt végezzük. A Mycobacterium Laboratóriumban a tbc kórokozóinak kimutatása és antituberkulotikus szerekkel szembeni érzékenységének meghatározása folyik.
Az Orvosi Mikrobiológia biztosítja a szakképzést és a szakmai továbbképzést az orvosi mikrobiológia területén, valamint minden olyan szakmában, amelyben az infekciós laboratóriumi gyakorlat a szakképzés kötelező eleme. Az Orvosi Mikrobiológia munkatársai folyamatosan készen állnak és elérhetők konzultatív tevékenységre, amely magába foglal javaslatot, tanácsadást az infekciós laboratóriumi vizsgálatok indikációjáról, időzítéséről és preanalitikai követelményeiről, a várhatóan hatékony empirikus antimikrobás terápiáról, részeredmények és végleges eredmények interpretálásáról, az antimikrobás kezelések és az antibiotikum rezisztencia viszonyáról, a rezisztencia terjedése elleni lehetőségekről, valamint a progresszív vizsgálatokról.