A Debreceni Egyetem – az ország legrégebbi, folyamatosan működő felsőoktatási intézménye – egyike Magyarország kiemelt kutatóegyetemeinek, amely 14 karával, 24 doktori iskolájával a legszélesebb hazai képzési kínálatot nyújtja.
A város felsőoktatásának gyökerei a XVI. századig nyúlnak vissza. 1538-ban alapították a Debreceni Református Kollégiumot, amely hosszú évszázadokon át játszott jelentős szerepet a magyar oktatásban és kultúrában. Ezt a dátumot őrzi a Debreceni Egyetem szimbóluma a gerundium is, utalva az elődökre, a hagyományokra.
1912-ben gróf Zichy János vallás- és közoktatásügyi miniszterségének idejében a XXXVI. törvénycikk elfogadásával két egyetem felállítását mondta ki az országgyűlés, az egyiket Pozsony, a másikat Debrecen székhellyel. A cívisvárosban öt karral (Református Hittudományi Kar, Jog- és Államtudományi Kar, Orvostudományi Kar, Bölcsészet-, Nyelv- és Történettudományi Kar, valamint Mennyiség- és Természettudományi Kar) megalakult a Debreceni Magyar Királyi Tudományegyetem, amely azonban csak két évvel később, 1914-ben kezdte meg működését három karral. Az intézmény hallgatóit kezdetben a Református Kollégium falai között fogadta, amely hamar szűkösnek bizonyult. Debrecen városa a Nagyerdőn hatalmas területet (112 kataszter hold földet) ajándékozott az egyetemnek, és előbb 5, majd még 3 millió aranykoronával járult hozzá az építkezéshez. 1918-ban IV. Károly király felavathatta az újonnan alapított Orvostudományi Kar központi épületét. Matematikai és természettudományi tárgyakat az 1923/24-es tanévtől kezdték tanítani a bölcsészkaron belül. Az önálló Természettudományi Kar létrehozására 1949-ben kerülhetett sor.
Az intézmény 1921-ben vette fel gróf Tisza István, az 1918. október 31-én mártírhalált halt államférfi, volt miniszterelnök, a Református Kollégium egykori diákjának nevét, így az egyetem elnevezése Debreceni Magyar Királyi Tisza István Tudományegyetemre változott.
A húszas években kezdték építeni és 1932-ben avatták fel az egyetem központi épületét, amely akkor a Parlament és a Budavári Palota építése után az ország harmadik legnagyobb beruházása volt. Az építkezés négy évig tartott, de a terveknek így is csupán egyharmadát sikerült megvalósítani.
A II. világháborút követően, 1949-ben politikai okokból megkezdődött az időközben ötkarúvá fejlődött egyetem szétdarabolása. A jogi kar működését még ugyanebben az évben ideiglenesen felfüggesztették, 1950-ben a teológiai kart leválasztották az egyetemről, és egyházi fenntartással a Kollégiumhoz került, az orvosképzést önállósítva pedig 1951-ben létrehozták a Debreceni Orvostudományi Egyetemet. Az egyetem 1945-ig viselte Tisza István nevét, ezután Debreceni Tudományegyetem, majd 1952-től Kossuth Lajos Tudományegyetemként működött tovább.
Az 1980-as években egyeztetések kezdődtek a széttagolt debreceni felsőoktatás újraegyesítéséről. Az események azonban csak 1996-tól gyorsultak föl, amikor egy törvénymódosítás kimondta, hogy 1998. december 31-ét követően egyetem csak abban az esetben működhet, ha több tudományterületen folytat megfelelő színvonalú képzést.
Végül 2000. január 1-jével létrejött az addigi Debreceni Agrártudományi Egyetem, a Debreceni Orvostudományi Egyetem, a Kossuth Lajos Tudományegyetem és a Hajdúböszörményi Wargha István Pedagógiai Főiskola integrációjával hazánk egyik meghatározó felsőoktatási intézménye, a Debreceni Egyetem, amely öt egyetemi és három főiskolai karral kezdte meg működését az Agrár- és Gazdálkodástudományok Centruma, az Orvos- és Egészségtudományi Centrum, valamint a Tudományegyetemi Karok keretein belül.
A Magyarország 2014. évi központi költségvetését megalapozó egyes törvények módosításáról szóló 2013. évi CCIII. törvény 26. §-a érintette az egyetem szervezeti felépítését, így 2014. január 1-től megszűntek a centrumok. Az intézményi egységek Agrártudományi Központ és Klinikai Központ néven szerepeltek tovább.
Napjainkban a Debreceni Egyetem a magyar felsőoktatás meghatározó, kiemelkedő intézménye. Nemcsak a hazai és nemzetközi oktatás, hanem a kutatás, innováció és fejlesztés, valamint a vállalati szférával való kapcsolattartás terén is élen jár. A folyamatosan változó társadalmi-gazdasági környezet megköveteli az intézménytől a rugalmasságot, a megújulás képességét, valamint az elvárásokhoz való alkalmazkodást. A Debreceni Egyetem vezetése célul tűzte ki, hogy a hazai és nemzetközi partnerekkel együttműködve sokoldalú és gyakorlati tapasztalatokra épülő, interdiszciplináris képzéssel, kutatással járul hozzá a legmagasabb szinten a jövő nemzedékének kineveléséhez.
Az oktatás mellett az intézmény európai színvonalú betegellátó tevékenységet is végez, teljes körű ellátást nyújtva a város, a megye, a régió és sok esetben országos betegellátási kötelezettsége révén. 2017. július 1. napjával a Kenézy Gyula Kórház és Rendelőintézet beolvadásával az intézmény betegellátási és oktatási kapacitásai jelentősen bővültek.
A Debreceni Egyetem 2021. augusztus 1. napjával átalakult, költségvetési szerv jogállása megszűnt és a Gróf Tisza István Debreceni Egyetemért Alapítvány által fenntartott, jogi személyiséggel rendelkező, közhasznú, nem állami egyetemként működik tovább.