Intézményünk a megalakulása óta a hazai tudományos kutatás-fejlesztés egyik legfontosabb bázisa. Egyetemünk az elmúlt időszakban az alap- és alkalmazott kutatások nemzetközi színvonalú művelésének fejlesztésére, a hazai és nemzetközi hálózati kapcsolatokban rejlő lehetőségek kihasználására törekedett. A kutatóegyetemi cím és az ehhez kapcsolódó anyagi támogatás lehetőséget adott arra, hogy nemzetközi mércét alkalmazva definiáljuk intézményünk helyét és fejlesztési irányait.
Az intézmény tudományos portfóliója nagyon sokrétű, minden karon folynak kutatási tevékenységek. Az egyetem az európai és a hazai innováció-politikai célkitűzésekkel összhangban arra törekszik, hogy erőteljes fókuszterületeket azonosítva olyan kritikus tömegű kapacitásokat és tudásbázist építsen ki, amely a gazdaság számára releváns, nemzetközi mércével mérve hasznosítható eredmények előállítására képes. Kiemelt kutatási területeink: orvos- és egészségtudomány, gyógyszeripar, élelmiszeripar, természettudományok, sporttudomány, valamint elektronika és informatika.
A Debreceni Egyetem a kutatási portfóliójában hangsúlyt kíván adni a képzési tevékenység fejlesztéséhez hozzájáruló, az oktatás minőségét garantáló kutatási területeknek is. Az egyetem kutatási portfoliójában egyre növekvő szerepet kap az alkalmazott és kísérleti kutatás-fejlesztés is. A portfólió erőssége az intézményen belüli sokszínűség, és ez lehetőséget teremt a tudományterületek szinergiájára, melyek egymást erősítve segíthetik a nemzetközi színvonalú kutatási eredmények elérését.
Hagyományosan erős kapcsolatot ápol az egyetem a Magyar Tudományos Akadémiával, amely – a városban működő Atommagkutató Intézet mellett – kutatócsoportok (14 db támogatott és 7 db „Lendület”) működését finanszírozza az egyetemen.
A Debreceni Egyetem kiemelt hangsúlyt fektet a szellemi tulajdon védelmére és hatékony szellemi tulajdon-menedzsment rendszert épített ki az elmúlt években. Az egyetemi Kutatáshasznosítási és Technológiatranszfer Központ által képviselt üzleties szemlélet biztosítja, hogy az innovatív vállalkozások megtalálják a kapcsolódási pontot az egyetemi kutatásokhoz és hosszú távú együttműködések alakulnak ki, melyek kézzel fogható eredményt hoznak a társadalom tagjai számára is, új innovatív termékek és szolgáltatások formájában.
Az egyetem sikeres pályázati tevékenységének köszönhetően a hazai átlagot meghaladó források állnak rendelkezésre mind az alapkutatásban, mind a fejlesztési és innovációs projektekben.